2016年4月，云南省委、省政府和省國資委深入貫徹落實中央關于全面深化國企改革的重大戰略部署，推動原云南建工集團、十四冶建設集團和西南交通建設集團3家大型國有企業整合重組為云南省建設投資控股集團有限公司，按照云南建投集團“大重組、大整合、大融合、大發展”的要求，2016年7月6日由十四冶建設集團云南水利水電工程有限公司變更登記為云南建投第二水利水電建設有限公司，為云南建投集團下屬的國有獨資施工總承包企業。

為做專做精水利水電業務，2014年3月，公司成功變更登記為十四冶建設集團云南水利水電工程有限公司，增加注冊資本金至1.2億元，以水利水電工程為主營業務，公路、市政、房建等多元業務協同發展。

2003年按國家政策改制重組，2005年7月重組為十四冶建設云南機械化工程有限公司，并順利通過了云南省建設廳的資質審定，主要經營房屋建筑工程、公路工程、市政工程、水利水電工程等業務。

云南建投第二水利水電建設有限公司始創于1983年1月，前身是中國有色金屬工業總公司第十四冶金建設公司機械化施工工程公司，為國家建設部審定的貳級總承包施工企業，以大型土石方工程、礦山工程、小型水利工程施工為主，最早隸屬于有色金屬工業總公司，2001年隨十四冶劃歸云南省管轄。